Le web comme carnet de recherche ouvert

Et si le brouillon devenait la publication ? Depuis vingt ans, des chercheurs tiennent leur carnet de laboratoire à la vue de tous — concurrents compris. Récit d'une utopie scientifique qui n'a jamais gagné, mais qui a discrètement tout changé.

Un cahier de laboratoire, en public

À l'été 2005, Jean-Claude Bradley, chimiste à Drexel University, prend une décision inhabituelle : il publie le cahier de laboratoire de son groupe sur un wiki public. Pas les résultats une fois nettoyés et publiés — tout : les protocoles, les mesures intermédiaires, les manipulations ratées.

L'année suivante, il forge le terme open notebook science dans un billet de blog, avec un critère de définition volontairement brutal :

Il existe une URL vers un carnet de laboratoire librement accessible et indexé par les moteurs de recherche.

Pas de comité, pas de label. Une adresse web, ou rien. Son projet UsefulChem tournait sur des wikis et de simples feuilles de calcul partagées. Bradley est mort en mai 2014 ; le projet lui a survécu sous une forme inattendue.

Ce qui en est resté : une base de données, pas une révolution

Le sous-produit le plus concret d'UsefulChem n'est pas un article : c'est une base ouverte de propriétés physico-chimiques — solubilités, points de fusion — couvrant environ 27 000 composés, publiée en licence CC0, c'est-à-dire versée au domaine public.

L'écosystème qui a réellement gagné

L'open notebook intégral est resté marginal. Mais l'idée sous-jacente — publier avant la validation formelle — a triomphé sous d'autres formes :

Les blogs de Terence Tao en mathématiques sont l'exemple le plus net : des preuves en cours d'élaboration, discutées dans les commentaires par d'autres spécialistes, parfois corrigées avant toute soumission.

Pourquoi l'utopie intégrale a échoué

Trois obstacles, aucun technique :

1. La priorité scientifique. Publier une piste avant de l'avoir exploitée, c'est risquer de se la faire prendre — le scooping.

2. L'évaluation. Une carrière académique se mesure en publications validées par les pairs, pas en carnets consultés.

3. Le filtrage. Sans sélection en amont, la charge de tri se déplace entièrement sur le lecteur.

Ce qu'un carnet public peut encore apporter

Le format web permet ce que le PDF interdit : une équation qui se rend proprement, un graphique manipulable, une donnée téléchargeable à côté de sa figure. Une simple relation comme

— la loi d'Arrhenius sous forme linéarisée — se lit ici directement, là où un article imprimé la fige en image. Et $E_a$ reste une valeur qu'un lecteur peut recalculer à partir des données jointes.

Le même principe vaut pour le code qui a produit une figure :

import numpy as np

# Linearisation d'Arrhenius : la pente donne -Ea/R
inv_T = 1 / temperatures_kelvin
pente, ordonnee = np.polyfit(inv_T, np.log(constantes_vitesse), 1)
energie_activation = -pente * 8.314  # J/mol

Douze lignes publiées valent souvent mieux qu'un paragraphe de méthode : elles sont vérifiables.

Ce qu'il faut en retenir

• L'open notebook n'a pas gagné, mais le preprint, si — et pour les mêmes raisons.

• Le frein n'a jamais été technique : il est dans l'évaluation des carrières.

• Le web permet un format que le PDF ne permet pas : équations vivantes, données jointes, code exécutable.

Une nuance de méthode : Distill.pub, cité ici comme référence du format, est en pause éditoriale depuis 2021. Le modèle a inspiré bien au-delà de sa propre activité.